此前，总部位于布鲁塞尔的环保非政府组织欧洲运输环境联合会（Transport & Environment）援引一项新研究表示，地中海航运在2018年排放了约1100万吨二氧化碳，如果航运成为欧盟排放交易体系的一部分，地中海航运将是欧盟第8大污染企业。
对此，地中海航运辩护称：“公司坚定地致力于进一步减少二氧化碳排放，并支持实现航运实现完全脱碳的长期目标。”
地中海航运强调，公司运营着一支环保船队，并正在投资低碳技术、进行广泛的新造船和改装计划，以提高船舶性能、最大限度地减少其对环境的影响。
“地中海航运的船队改造计划已使2015-2018期间的二氧化碳排放量减少了13%。此外，以世界上最大的集装箱船‘MSC Gulsun’号领衔的新造船计划，已经引入了一种新型的可持续集装箱运输方式。”
此外，地中海航运还表示，支持在欧盟监测、报告和验证（MRV）系统中透明、精确地报告二氧化碳排放；不过，至关重要的是，要准确分析系统中报告的原始数据并充分考虑运营现实，以提供相关排放的真实情况。
地中海航运公司称，欧洲运输环境联合会发布的报告对这些数据进行了“不完全分析”，逼并没有给出准确的航运排放情况。相关分析未能充分考虑地中海航运的若干运营方面，因此无法对地中海航运在排放方面的作用和影响进行全面评估。
地中海航运还指出，分析应当仅考虑在欧盟区内实际发生的排放，“根据地中海航运对自身运营纪录的分析，在上述报告中的1100万吨二氧化碳排放实际只有40-45%发生在欧盟地区”。
地中海航运总结称，公司将继续支持航运业脱碳化。同时，地中海航运也认识到，需要一些重大突破，尤其是在燃料和推进技术方面，才能使航运业朝着零碳未来迈进。
